Al sistema di conservazione tradizionale dei semi, in ambienti non climatizzati, è stato affiancato, dal 1992, il sistema della crioconservazione. Gli spazi attualmente riservati alla loro essiccazione, lavorazione, conservazione e prove biologiche, sono due locali per complessivi m2 50; con l'imminente ampliamento dell'Orto Botanico su un'area adiacente, saranno a questo scopo riservati spazi molto più ampi e attrezzature più idonee, utili all'allestimento di una funzionale Banca del Germoplasma. Le attrezzature presenti nel laboratorio semi, sono costituite da: setacci, ventole di separazione, cella di essiccazione a gel di silice, misuratore di umidità del seme, contenitori di conservazione (buste alluminate, sigillate a caldo), armadio congelatore (m3 2,0; -15/-20 °C), germinatoio a 4 scomparti indipendenti (m3 1,5), microscopi. La conservazione a lungo termine, in relazione all'esiguità di spazi climatizzati e di attrezzature specifiche, viene riservata alle specie rare e/o minacciate del Veneto e Friuli, secondo un piano di raccolta predeterminato.
Le specie conservate in crioconservazione sono 85, alcune sono incluse anche nella Direttiva Habitat (Erucastrum palustre, Gypsophila papillosa, Saxifraga berica, ecc.), altre sono incluse nelle Liste Rosse Nazionali o Regionali (Euphrasia marchesettii, Haplophyllum patavinum, Moltkia suffruticosa, ecc.), altre assumono valenza locale, come quelle minacciate dei Colli Euganei (Crypsis schoenoides, Thymelaea passerina, ecc.).